اختلاف مفسران نشان‌دهنده وجود اختلاف در خود قرآن نیست، بلکه اختلاف مفسران عمدتاً ریشه در دو عامل اصلی دارد: اخود مفسران و ماهیت متن و زبان.
تفسیر و علوم قرآن
ادعای نگاه زمین مرکزی قرآن و تنافی الهی بودن آن
آیات قرآن نشان می‌دهند این کتاب بر پایه نظریه زمین‌مرکزی بنا نشده و لذا در موارد متعددی با آن مخالفت کرده است. برای نمونه، قرآن زمین را متحرک می‌داند، نه ثابت.
امر وجودی دانستن شب و یافته های فلسفی
شب به معنای صرفاً نبود نور نیست؛ چراکه در خارج از جو زمین، حتی باوجود نور، به دلیل عدم جو و اتمسفر که نور را پراکنده و آشکار می‌کند، فضا در طول روز هم تاریک است
معنای امی بودن پیامبر صلی الله علیه و آله معنای امی بودن پیامبر صلی الله علیه و آله
امی یا به معنای درس نخوانده یا اهل ام‌القری است و حضرت که از طرف خدا تعلیم دیدند، بعد از بعثت، بی‌سواد نیستند و چنین وصفی، احتمالاً به معنای اهل ام‌القری باشد
